严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 基因组的变异体分析
2020-07-09 来源：WHO
目的
旨在分析严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 的基因组变异体情况。
方法
在 2020 年 2 月 1 日至 5 月 1 日期间，我们从四个数据库下载了 10,022 个严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 基因组。这些基因组来自 68 个国家的感染患者。我们通过使用凸出针提取参考基因组 NC_045512 的成对序列比对来确定变异体。编码区的核苷酸变体被转化为相应的编码氨基酸残基。我们使用基于抽样树的开源软件贝叶斯演化分析（2.5 版）进行支系分析。
结果
我们确定了 5775 个不同的基因组变异体，包括 2969 个错义突变、1965 个同义突变、484 个非编码区突变、142 个非编码缺失、100 个框架内缺失、66 个非编码插入、36 个止损变异体、11 个移码缺失和 2 个框架内插入。最常见的变异是同义 3037C > T（6334 个样本）、开放阅读框 1ab 中的 P4715L（6319 个样本）和纤突蛋白中的 D614G（6294 个样本）。我们确定了 6 大主要分支（即，基底、D614G、L84S、L3606F、D448del 和 G392D）和 14 个子分支。在基底变化方面，以 C > T 突变最为常见，共有 1670 个不同的变异体。
结论
我们发现严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 基因组存在多种变异体，其中 D614G 支系自 2019 年 12 月以来已成为最常见的变异体。演化分析表明，这是一种结构化传播，有可能多次传入人群中。
